Στα νότια του οικισμού των Σκαλιών και σε απόσταση λίγων μέτρων από τη θάλασσα βρίσκεται το βυζαντινό εκκλησάκι του Αγίου Νικολάου, το οποίο είναι κτισμένο πάνω στα ερείπια μεγάλης πρωτοβυζαντινής / παλαιοχριστιανικής εκκλησίας.

Από την Εκκλησιαστική Επιτροπή του Ιερού Ναού Κοιμήσεως Θεοτόκου και Αγίου Νικολάου της περιοχής των Αργινωντών, στην αρμοδιότητα της οποίας υπάγεται και ο Άγιος Νικόλαος Σκαλίων και με την έγκριση της Εφορείας Αρχαιοτήτων Δωδεκανήσου, πραγματοποιήθηκε πρόσφατα σειρά επεμβάσεων στο χώρο, όπως αποκατάσταση του ημιερειπωμένου κελιού δυτικά του Αγίου Νικολάου, προκειμένου να χρησιμοποιείται για τις ανάγκες εορτασμού του ναού αλλά και του κοιμητηρίου, κατασκευή πετρόκτιστων αναλημματικών τοίχων για τον ευπρεπισμό και την προστασία του χώρου και διαμόρφωση νέου κοιμητηρίου βόρεια του Αγίου Νικολάου.

Από τη βασιλική διατηρούνται σε καλύτερη κατάσταση οι τοίχοι της ανατολικής, βόρειας και νότιας πλευράς της. Το δυτικό τμήμα της δε σώζεται. Το εξωτερικό μήκος της είναι 17,60 μ. ενώ το πλάτος της 16,50 μ. Στα βόρεια υπάρχει προσκολλημένο ορθογώνιο διαμέρισμα, το οποίο επικοινωνεί με τον υπόλοιπο ναό μέσω θύρας, διαθέτει όμως και εξωτερική είσοδο. Το διαμέρισμα αυτό πιθανότατα αποτελούσε την Πρόθεση του ναού, όπου φυλάσσονταν οι προσφορές των πιστών. Η βασιλική του Αγίου Νικολάου χρονολογείται στον 6ο μ.Χ. αιώνα. Πιθανότατα εγκαταλείφθηκε και ερειπώθηκε εξαιτίας των αραβικών επιδρομών κατά τον 7ο αιώνα.

Το χώρο του Ιερού Βήματος της βασιλικής καταλαμβάνει το μεταγενέστερο υστεροβυζαντινό εκκλησάκι του Αγίου Νικολάου, ενώ ο υπόλοιπος χώρος της καλύπτεται από νεότερους τάφους των κατοίκων της περιοχής. Συνεπώς δε διαφαίνονται περισσότερα στοιχεία για την αρχιτεκτονική διαρρύθμιση του ναού.

Έξι αιώνες μετά την εγκατάλειψη της βασιλικής, κατά τους υστεροβυζαντινούς χρόνους ανεγέρθηκε στο χώρο του Ιερού Βήματος το εκκλησάκι του Αγίου Νικολάου. Πρόκειται για μικρό μονόχωρο, καμαροσκεπές οικοδόμημα, εξωτερικών διαστάσεων 7,60 μ. μήκος επί 5,45 μ. πλάτος. Η μοναδική του είσοδος βρίσκεται στο μέσο του δυτικού τοίχου.

Από τον τοιχογραφικό διάκοσμο διατηρείται σε σχετικά καλή κατάσταση η παράσταση Δέησης στο τεταρτοσφαίριο της αψίδας του Ιερού Βήματος, ο Άγιος Γεώργιος στο νότιο τοίχο και σε κακή κατάσταση μία Αγία και ένας Άγιος στο βόρειο τοίχο. Η Δέηση περιλαμβάνει τον Χριστό Παντοκράτορα στο κέντρο, την Παναγία στα δεξιά του και τον Άγιο Νικόλαο στ’ αριστερά του. Οι τοιχογραφίες χρονολογούνται στα τέλη του 13ου – αρχές του 14ου αιώνα.

Το Ιερό Βήμα χωρίζεται από τον υπόλοιπο ναό με νεότερο ξύλινο τέμπλο, το οποίο φέρει επίσης νεότερες εικόνες, φιλοτεχνημένες κατά την αναγεννησιακή τεχνοτροπία. Χαμηλά βρίσκονται τέσσερις δεσποτικές εικόνες, του όρθιου Χριστού, της ένθρονης Παναγίας Βρεφοκρατούσας, του όρθιου Αγίου Νικολάου και του όρθιου Προδρόμου. Από αυτές, οι τρεις πρώτες εικόνες αποτελούν έργα του 1953, του Αγιορείτη ιερομόναχου και αγιογράφου Κύριλλου Σαλουκάκη (1895-1957). Η εικόνα του Προδρόμου, όπως και οι μικρές εικόνες των Αποστόλων στην κορυφή του τέμπλου είναι έργα του Καλύμνιου λαϊκού ζωγράφου Θ. Καζούρη του 1988.